Impatto nelle analisi della metilazione del DNA dei globuli rossi nucleati del sangue

dna staminali Studi genome-wide sulla metilazione del DNA (DNAm) si sono dimostrati estremamente utili per comprendere l’emopoiesi umana. A causa del loro contenuto di DNA attivo, i globuli rossi nucleati (nRBCs) derivati dal sangue cordonale intero, contribuiscono agli studi epigenetici e di trascrittomica. Studi di genomica delle cellule ematopoietiche del sangue del cordone isolate tramite FACS possono essere significativamente alterate da interazioni eterotopiche con nRBCs durante il sorting delle cellule convenzionali.

Olivia M. de Goede e colleghi hanno riportato che le cellule T del sangue del cordone, e, in minor misura monociti e cellule B, si uniscono fisicamente a nRBCs durante il FACS. Queste interazioni eterotopiche comportato una significativa contaminazione dei dati epigenetici e di trascrittomica. L’esclusione formale di marcatori specifici per linea eritroide prodotta da profili di DNAm (misurati tramite Illumina 450K) su cellule del sangue del cordone ombelicale CD34 e linfociti T CD8, linfociti B, natural killer (NK), granulociti, monociti e nRBCs che sono risultati più coerenti con i dati attesi.

Inoltre, sono stati identificati otto siti CpG altamente differenziate che potrebbero essere utilizzate per rilevare la contaminazione di nRBCs. Molti di questi marcatori eritroidi si trovano nella zona dei geni coinvolti nell’eritropoiesi (ZFPM1, HDAC4) o nela funzione immunitaria (MAP3K14, IFIT1B), rafforzando un possibile ruolo di regolazione immunitaria delle NRBCs nel primi anni di vita.

In conclusione le interazioni tra cellule eritroidi eterotopiche e globuli bianchi possono risultare in popolazioni di cellule contaminate, se non adeguatamente escluse durante il sorting delle cellule. Le NRBCs del sangue del cordone hanno un profilo DNAM distinto che può distorcere significativamente studi epigenetici. I risultati di tale articolo hanno sottolineato le importanti implicazioni per la progettazione e l'interpretazione degli studi epigenetici e di trascrittomica genome-wide che utilizzano sangue del cordone ombelicale umano.

Fonte: doi: 10,1186 / s13148-015-0129-6

Sara Sara

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